بر اساس اصل ۱۷۲ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران به جرائم نیروهای مسلح که در ارتباط با وظایف خاص نظامی و انتظامی خود مرتکب می‌شوند، محاکم نظامی رسیدگی می‌کنند. لکن محاکم نظامی مذکور به علت مشکلات اجرائی تا سال ۱۳۶۴ تشکیل نگردید تا آنکه در همان سال قانون دادرسی نیروهای مسلح در ۱۲ ماده و ۸ تبصره به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید و از ابتدای سال ۱۳۶۵ سازمان قضائی نیروهای مسلح از ادغام سازمان قضائی ارتش، دادسرا و دادگاه انقلاب و عمومی پاسداران به وجود آمده و از آن تاریخ به بعد این سازمان یگانه مرجعی است که به جرائم خاص نظامی وانتظامی اعضای ارتش، سپاه و بسیج، کمیته های انقلاب اسلامی، ژاندارمری، شهربانی، پلیس قضائی و همه ی نیروهای مسلح قانونی دیگر رسیدگی می‌کند.[۱۶۳] البته در سال ۱۳۶۰ قانون «الحاق سازمان قضائی ارتش به دادگستری جمهوری اسلامی ایران»[۱۶۴]، این سازمان را به وزارت دادگستری ملحق نمود و آن را از لحاظ ساختاری از قوه قضائیه جدا نمود. وضع این قانون با توجه به اصل استقلال قوا و به ویژه ضرورت جلوگیری از اعمال نفوذ قوه مجریه یا به عبارت دقیق تر حزب حاکم در قوه مجریه بر نیروی نظامی و خطر تبعیت بی قید و شرط قوای نظامی از قوه ی مجریه را فراهم می‌کند، زیرا قوه ی مجریه آنگاه که نیروی نظامی از وظایف غیرقانونی دیکته شده به وی خودداری می‌کند با اهرم سازمان قضائی بر وی اعمال حکومت می‌کند. هرچند که در قوانین آتیه به این مسئله اشاره نشده است و بنابر نظر عده ای، وضع قوانین جدید سبب نسخ ضمنی قانون فوق الذکر شده است، اما باید گفت که در قوانین آتیه به ویژه قانون سال ۱۳۹۳ نیز اشاره ای به جایگاه تشکیلات سازمان قضائی در قوه قضائیه ننموده است و تنها اشاره کرده که ایجاد تشکیلات برعهده ی رئیس قوه قضائیه است[۱۶۵] و از آنجا که صرف ایجاد تشکیلات نمی تواند بیانگر ایجادشدن یک دستگاه در درون یک قوه باشد (زیرا بدان گونه باید پس از تفویض اختیارات اداری واستخدامی رئیس قوه قضائیه به وزیر دادگستری باید می پذیرفتیم که تشکیلات اداری در درون قوه مجریه تشکیل می شود. به ویژه از آنجا که در قوانین لاحق قرینه ای برای نسخ وجود ندارد)، باید نتیجه بگیریم آنجا که در نسخ یا عدم نسخ شک کردیم، باید اصل را بر عدم بگذاریم و اذعان نماییم که قانون مذکور هنوز به قوت خود باقی است. هرچند که از قراین بر می‌آید قانون‌گذار این ماده واحده را از خاطر برده است و در صحنه ی اجرا نیز ملاک عمل قرار نمی گیرد، اما با توجه به اصل حاکمیت قانون، باید گفت که با توجه به بقای این قانون و الزام به تبعیت از آن، باید نتیجه نمود ساختار قضائی نیروهای مسلح در وزارت دادگستری تشکیل می شود و در پاره ای از مواردی که قانون‌گذار مشخص نموده است به قوه قضائیه اجازه ی اعمال نفوذ داده است که از این میان می توان به تبصر ۱ ۲و قانون «الحاق سازمان قضائی ارتش به دادگستری جمهوری اسلامی ایران» مصوب [۱۶۶]۱۳۶۰ ،ماده ۶ و ۱۱ قانون «دادرسی نیروهای مسلح» مصوب ۱۳۶۰ و اصلاحی ۱۳۶۸ اشاره نمود.[۱۶۷]
بند چهارم. معاون رئیس قوه قضائیه جایگزین وزیر دادگستری
به نظر می‌رسد که قانون‌گذار قانون عادی با وضع قوانین فوق الذکر و ایجاد واحدهای قضائی در درون قوه ی مجریه به دوران مشروطه که قوه ی قضائیه زیر نظر وزارت دادگستری بوده، نظر داشته است و در عین پذیرش قوه ی قضائیه ی مستقل از هیات دولت، نظر به ایجاد یک دستگاه عدالت، در سطحی بسیار کوچک تر از قوه ی قضائیه ی مصرح در قانون اساسی، داشته است، هرچند که این نظر، از نظر دکترین حقوقی به ویژه حقوق دانان عمومی امری اشتباه و دور از ذهن است اما متاسفانه رویه ی موجود به نحوی است که بر این امر، صحه می‌گذارد. علاوه بر وجود دو دستگاه قضائی در درون وزارت دادگستری ، وزیر دادگستری به موجب قانون عادی دارای وظایف و اختیاراتی است که کاملاً به ایشان شانی همتراز با جایگاه رئیس کنونی قوه ی قضائیه اعطا کرده‌است، وظائفی که در بالا به آن ها اشاره نمودیم. اما این عمل، خلاف قانون اساسی است، زیرا در قانون اساسی منحصراًً یک قوه ی قضائیه پیش‌بینی شده است و قانون‌گذار قانون اساسی، با وابستگی قوه ی قضائیه به قوه ی مجریه صراحتا مخالفت نموده است. در نتیجه، نظر به اینکه مقام وزیر کارایی لازم را با توجه به مطالب گذشته در قوه ی قضائیه ندارد و دیگر آنکه در هنگام بازنگری قانون اساسی نیز، عده ای تلاش نمودند تا این مقام ابقا نگردد و جایگزین ایشان، مقامی درون قوه ی قضائیه گردد تا از نظارت ها و پاسخ دهی به سایر قوا مصون باشد، توصیه می شود که به جای این مقام به پیشنهاد برخی از اعضای شورای بازنگری عمل شود که در و در پاسخ به دلایل مطرح شده ی شورای بازنگری نیز می توان به دلایل زیر اشاره نمود:
