کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

WPARE10

Ardak/3/Alpha/Durra//CWB117-77-9-7

۹

۸۵

WPARE10

Uzno-Kazakastan

همان گونه که قبلاً ذکر گردید مبنای تشکیل درخت فیلوژنی در این آزمایش میزان همولوژی ژن­های مورد مطالعه بوده است. هرچه مقدار همولوژی مناطق ژنی مورد مطالعه بین ژنوتیپ­ها بیشتر بوده، آن­ها در گروه ­های نزدیک به هم یا در یک زیرگروه طبقه ­بندی شده ­اند و با کاهش همولوژی، فاصله ژنتیکی بین ژنوتیپ­ها افزایش یافته و آن­ها در گروه ­های مستقلی گروه­بندی شده ­اند. بر این اساس تأثیر همه انواع پلی­مورفیسم­های نوکلئوتیدی از جمله حذف و اضافه و تکرار نوکلئوتیدی و نیز انواع موتاسیون­های همگن و غیر همگن در ایجاد تنوع، آنالیز و بررسی گردید. تعداد زیاد انواع موتاسیون نوکلئوتیدی در ژن CBL4 در مقایسه با ژن HKT1 (5/7 برابر) با مقایسه درخت فیلوژنی این دو ژن نیز قابل تفسیر و تأیید می­باشد. زیرا ژن HKT1 دارای یک کانتیگ پیوسته فاقد اینترون در منطقه اگزونی بوده و گروه­بندی ژنوتیپ­های آزمایشی برای این ژن به صورت یک درخت فیلوژنی با تعداد کمی شاخه اصلی و تعداد زیادی شاخه فرعی و زیر گروه بوده است. در حالی که گروه­بندی ژنوتیپ­های مورد مطالعه برای ژن CBL4 در هفت کانتیگ مجزا انجام گرفته و هر کانتیگ دارای مناطق اگزونی و اینترونی بوده است. تعداد زیاد کانتیگ­ها نشان دهنده میزان زیاد تنوع نوکلئوتیدی در هر کانتیگ می­باشد که دلایل احتمالی آن اثرات شدید انتخاب و سازگاری برای این ژن است. نتایج این مطالعه نشان داد که دسته­بندی ارقام در گروه ­های اصلی و فرعی بر اساس قرابت ژنتیکی آن­ها بوده و مستقیماً تحت تأثیر منشأ ژنتیکی آن­ها قرار گرفته است. زیرا برخی ارقام علی رغم اینکه در کشورهای مختلف کشت می­گردند به دلیل دارا بودن منشأ ژنتیکی مشترک در یک گروه اصلی یا فرعی قرار گرفته­اند (مانند بعضی ارقام ایرانی و ارقام متعلق به کشور لیبی). همچنین برخی ارقام ایرانی تنوع و فاصله ژنتیکی زیادی نسبت به هم نشان دادند و پس از بررسی منشأ ژنتیکی آن­ها مشخص گردید که دارای منشأ متفاوتی بوده ­اند. ارقام مورد مطالعه از نظر ژن HKT1 تنوع ژنتیکی کمتری با یکدیگر نشان داده و بر خلاف آن، از نظر ژن CBL4 دارای تنوع ژنتیکی بسیار زیادی بودند.

(( اینجا فقط تکه ای از متن درج شده است. برای خرید متن کامل فایل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. ))

شبیر و همکاران (۲۰۱۱) فیلوژنی مرتبط با ۲۰ توالی نوکلئوتیدی ژن OLR1 را در دو نژاد بوفالوی جعفر آبادی و سورتی براساس همولوژی مناطق ژنی موردآنالیز و بررسی قرار دادند. پاسکو و همکاران (۲۰۱۱) با بهره گرفتن از سه قطعه ژن هسته­ای، که احتمالاً از نظر تکاملی مستقل هستند، در ۲۹ خانواده از ماکیان­ها به یک توپولوژی دست یافتند که با درخت تجمعی مولکولی تأیید گردید. آن­ها با بهره گرفتن از بازیابی توپولوژی، تأثیر نسبی حذف و اضافه­ها و جابجایی­های نوکلئوتیدی را ارزیابی کردند. آن­ها برای تعیین نقش حذف و اضافه نوکلئوتیدی در تفکیک فیلوژنی سه نوع آنالیز انجام دادند: آنالیز همه داده ­ها، آنالیز داده ­های مرتبط با جابجایی نوکلئوتیدی و آنالیز داده ­های حاصل از حذف و اضافه نوکلئوتیدی. ابراهیمی و همکاران (۱۳۸۹) تنوع ژنتیکی ۷۳ نمونه جوی ایرانی که از دو گونه هوردئوم وولگار و هوردئوم اسپانتانئوم بودند را با ۱۵ جفت نشانگر ریز ماهواره ارزیابی نمودند. نتایج آزمایشات آن­ها در درخت فیلوژنی نشان داد که گروه­بندی ارقام و ژنوتیپ­های متعلق به دو گونه متفاوت، بر اساس منشأ جغرافیایی آن­ها صورت گرفته و بر این اساس داده ­های آن­ها در سه گروه اصلی طبقه ­بندی گردید. آن­ها دلیل شباهت ژنتیکی و نیز نزدیکی نمونه­های متعلق به دو گونه متفاوت در یک گروه را تغییرات ژنتیکی مشابه در مواجهه با شرایط آب و هوایی مشابه در طی زمان طولانی ذکر نموده ­اند. متیوس و هایز (۲۰۰۲) و فنگ و همکاران (۲۰۰۶) نیز گزارش دادند که الگوی گروه­بندی ژنوتیپ­ها با منشأ و پراکنش جغرافیایی آن­ها ارتباط دارد.
۳-۷ نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن HKT1
این نقشه هضم آنزیمی، محل برش آنزیم­ های مختلف برشی را در طول قطعه تکثیر شده ژن HKT1 که توالی آن در شکل ۳- ۱ به صورت رنگی نمایش داده شده است نشان می­دهد. همان­گونه که در شکل ۳- ۱۰ مشاهده می­گردد محل دقیق هضم آنزیمی هر یک از آنزیم­ های برشی روی قطعه ژنی مربوط در داخل پرانتز نشان داده شده است. به عنوان مثال آنزیم BamH1 در محل نوکلئوتید شماره ۱۶۲ این قطعه ژنی را برش می­دهد. این قطعه یک بار توسط آنزیم­ های BamH1 و HincII، دو بار توسط آنزیم­ BstXI و سه بار توسط آنزیم EcoRI برش داده می­ شود. اگر موتاسیون­های نوکلئوتیدی در هر یک از این محل­های برش آنزیمی واقع گردند از نظر ژنتیکی دارای اهمیت بسیار زیادی می­باشند. زیرا می­توان از آنزیم مربوط برای جداسازی قطعه حامل این موتاسیون استفاده کرده و برای اهداف گوناگون و با ارزش ژنتیکی و مولکولی بهره گیری نمود.

شکل ۳- ۱۰ نقشه هضم آنزیمی ژن HKT1
محل دقیق وقوع موتاسیون­های نوکلئوتیدی در این قطعه ژنی از طریق آنالیز توالی نوکلئوتیدی این قطعه در ژنوتیپ­های آزمایشی به کمک نرم افزار CodonCode Aligener، بررسی شده و با محل برش آنزیم­ های برشی مقایسه گردید. این مقایسه نشان داد که محل وقوع موتاسیون نوکلئوتیدی در ۸۴ ژنوتیپ دقیقاً در محل برش آنزیم EcoRI و وقوع موتاسیون در یک ژنوتیپ در محل برش آنزیم HincII واقع شده است. بنابراین می­توان گفت که این نقشه هضم آنزیمی دارای ارزش و اهمیت بسیار زیادی در مطالعات مختلف ژنتیکی از جمله جداسازی و کلون کردن قطعات مورد نظر ژن که حامل موتاسیون می­باشند، تعیین نقشه و سایر مطالعات مربوط به موتاسیون­ها می­باشد. مشخصات کامل این موتاسیون­های نوکلئوتیدی که در محل هضم آنزیمی این دو آنزیم واقع شده ­اند در جدول ۳- ۱۴ آورده شده است.
جدول ۳- ۱۴ مشخصات موتاسیون­های نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیم­ های برشی در قطعه تکثیری ژن HKT1

نام آنزیم

نوع موتاسیون

تعداد ژنوتیپ­های حامل این موتاسیون

محل برش آنزیمی
(شماره باز)

توضیح وضعیت موتاسیون

HincII

حذف و اضافه هموزیگوت

یک ژنوتیپ

۳۰۲

اضافه شدن یک باز سیتوزین در منطقه کد کننده ژن

EcoRI

حذف و اضافه هموزیگوت

۸۴ ژنوتیپ

۱۳۰۰

اضافه شدن یک باز آدنین در منطقه کد کننده ژن

۳-۸ نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4
نقشه هضم آنزیمی کانتیگ­های ژن CBL4 در شکل­های ۳- ۱۱ تا ۳- ۱۷ نشان داده شده است.
کانتیگ اول:

شکل ۳- ۱۱ نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ اول