کلیه مطالب این سایت فاقد اعتبار و از رده خارج است. تعطیل کامل

این اصطلاح، برای بیان دسته­ای از DNA­های تکراری که ویژگی­های ماهوارک­ها و ریزماهواره­ها را دارند و طول آنها در جایگاه مربوطه در حدود ۴۰ جفت باز می­باشد.

( اینجا فقط تکه ای از متن فایل پایان نامه درج شده است. برای خرید متن کامل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. )

1. 1. ریز ماهواره ها:

شامل واحدهای تکی، دوتایی، سه تایی، چهارتایی، پنج تایی، یا شش تایی تکرار شونده هستند که در ژنوم یوکاریوت ها پراکنده هستند.
مزیت­های SSR به شرح زیر می­باشد:

1. 1. این تکنیک بسیار ساده بوده و استفاده از آن آسان است.

1. 1. آزمایش مبتنی بر PCR است. برای مشاهده­ نتایج کافی است که فقط محصولات تکثیر را توسط الکتروفورز تکثیر نمود. بدین ترتیب زمان مورد نیاز برای دست­یابی به نتایجی قابل قیاس با روش­های مبتنی بر هیبریداسیون، به طور قابل ملاحظه­ای کاهش می­یابد.

1. 1. می­توان از به کارگیری رادیوایزوتوپ­ها اجتناب ورزید زیرا که اندازه­ چند شکلی بین آلل­ها برای مشاهده در ژل­های آگارز به قدر کافی بزرگ است.

1. 1. ریزماهواره­ها به صورت نشانگرهای هم­بارز تفرق می­یابند.

1. 1. چند شکلی ایجاد شده قابل اعتماد است.

معایب SSR نیز به شرح زیر می­باشد:
نشانگرهای SSR دارای محدودیت­هایی هستند که بر کاربرد عمومی آنها به عنوان نشانگرهای مولکولی مؤثر است. از جمله این محدودیت­ها می­توان به صرف وقت و هزینه­ زیاد در طراحی و ساخت آغازگرها، چند شکلی بیشتر از حد واقعی، دانش اندک در مورد نحوه­ جهش و روش­های برآورد و تجزیه و تحلیل داده ­ها اشاره نمود. علاوه بر آن، نمی­ توان نقش­های حاصل از آن را به یک جایگاه ژن نسبت داد. همچنین عیب دیگر آن این است که به بررسی تنوع بین افراد در قسمتی از ژنوم می ­پردازد که به احتمال زیاد فاقد ژن است [۸۲].
RFLP-PCR
آنالیز RFLP پرزحمت و وقتگیر است همچنین تکنیک RFLP نیاز به مقدار زیادی DNA دارد. به همین دلیل در تکنیک RFLP تغییراتی داده شده است تا امکان استفاده به راحتی برای تعداد زیادی نمونه انجام شود. در گذشته از تکنیک وقتگیر لکه گذاری سادرن استفاده می­کردند. ولی امروزه محققین از روش PCR-RFLPجهت آشکارسازی استفاده می­ کنند. این روش نیاز به مقدار بسیار کمتری DNA دارد و قابل کاربرد برای آنالیزهای سریع می­باشد و با بهره گرفتن از آنها میتوان برای تعداد زیادی نمونه تعیین ژنوتیپ کرد. این روش بطور وسیعی برای آشکارسازی سریع و مطمئن تنوع موجود در توالی DNA استفاده می­ شود. همچنین این روش موجب افزایش نمایان سازی پلیمورفیسم موجود بین نمونه­های مختلف می­گردد. نشانگرهای ایجاد شده به وسیله PCR-RFLP را CAPS می­نامند و اثبات شده است که جهت نقشه­یابی مکان­های ژنی جهش یافته و ژنوتیپ­یابی SNP که کم هزینه و قابل کاربرد با تعداد متوسط نمونه می­باشد. وجود این تنوع به تولید جایگاه­های برشی منجر می­ شود که تفاوت یک جفت آلل را در فرایند سه مرحله­ ای زیر آشکار می­سازد: در مرحله اول تکثیر توالی DNA مورد نظر از طریق PCR. در مرحله دوم هضم با بهره گرفتن از آنزیم­ های برشی و سپس در مرحله سوم آنالیز قطعات حاصله به وسیله الکتروفورز.
RFLP Based PCR با اتصال ناقص
در روش CAPS یک محدودیت وجود دارد و آن این است که فقط جهش­های ایجاد کننده یا حذف کننده جایگاه شناسایی آنزیم برشی را میتوان تشخیص داد. همه تغییراتی که در تک نوکلئوتیدها ایجاد می­ شود، منجر به ایجاد جایگاه برشی نمی­شوند. به همین منظور برای آشکارسازی این تغییرات، روشی شبیه به CAPS به نام dCAPS ابداع شده است که در آن واکنش PCR را با آغازگرهایی انجام می­ دهند که یک یا چند نوکلئوتید برای ایجاد اتصال ناقص در آنها وجود دارد. در این روش آلل­هایی را که به واسطه تغییرات تک نوکلئوتیدی باهم تفاوت دارند، میتوان از یکدیگر تشخیص داد. گیاهان هتروزیگوت را میتوان با بهره گرفتن از این روش به دلیل همبارز بودن نشانگر به سرعت شناسایی نمود [۸۲].
فصل سوم
مواد، تجهیزات و روش تحقیق
مواد مورد استفاده مورد استفاده در این پایان نامه در جدول شماره۳-۱ آورده شده است.
جدول ‏۳‑۱ مواد مورد استفاده در پایان نامه